Muchos católicos a los que les haya llegado la noticia del posible cisma en la Iglesia siro-malabar, quizá se hayan asombrado al saber que existen católicos en la India de raíces muy antiguas. Cuando los portugueses llegaron con sus naves a ese subcontinente gracias a Vasco de Gama en 1498, se sorprendieron al encontrar cristianos tan lejos de Europa y casi incomunicados con sus hermanos en la fe. Son los llamados cristianos de Santo Tomás, porque se consideran fruto de la predicación de este Apóstol, que, según las tradiciones, estuvo en estas tierras alrededor del año 50, siendo martirizado en Meliapor, actualmente un barrio de Chennai. Sus restos se veneran en una basílica que se levantó en el lugar de su martirio.
Al estar tan aislados, durante la Edad Media se relacionaron sobre todo con los cristianos caldeos, de doctrina nestoriana. Sin embargo, por los vaivenes políticos de medio oriente, durante largas temporadas quedaron aislados y casi sin sacramentos (no siempre tenían obispos). En 1491 el Archidiácono, máxima autoridad de la iglesia malabar, consiguió que el patriarca de la Iglesia de Oriente (monofisita) les enviara dos obispos, los cuales, al no conocer la lengua local, eran tratados como huéspedes.